bu işi bir script ile de yapabilirsiniz.
eğer sitenizde hiç iframe kullanmıyorsanız, bir mesela php script yazarsınız atarsınız serverınıza tüm dosyaları metin dosyası olarak dosya işlemlerinden açar satır satır okur, <iframe>(.*?)</iframe> gördüğü yerlerdeki tüm kodları silerek tekrar kaydeder. Cron job ile günde bir defa çalışır hale getirirsiniz. sitenize eklenen iframe virüsü en fazla 24 saat durur.