Site içi linklerde target=_blank kullanmanın yararından çok zararı olur rahat dolaşım sağlamadığı için.
Sorunun özüne gelecek olursak ikisi arasında bir fark yoktur. Linkleri relatifte verebilirsiniz normal şekilde de.
Sadece çok ufak bir fark olabilir o da;
Çok sayıda link veriyorsanız alt sayfalara dosya boyutunuz biraz daha uzun olur http://www.siteismi.com/seo.htm yaparsanız. Ama bunun da çok önemli olduğunu düşünmüyorum.