Sorunu kullandığınız yazılımda arayabilirsiniz.
Açık kalan ve komut bekleyen bağlantılar buna sebep olabilir.

Ya da MySQL 'iniz default ayarlarda çalışıyordur ve optimize edilmesi
gerekiyor olabilir. Sitenizin veritabanı kullanım şekline göre bir çok
değişik konfigurasyon bulunmaktadır. Lütfen bunları deneyiniz.