Bunu şöyle düşünmek lazım..

http://site.com/
http://site.com/kategori/
http://site.com/kategori/sayfa.html

bu 3 adresi ayrı site olarak düşünün, bu sayfaların içinden kendi sitenizde bulunan herhangi bir sayfaya (örn. http://site.com/ ) http:// ile başlamak şartıyla verdiğiniz linkler backlink olarak geçerlidir SEO için + faydası vardır.
Bir ipucu daha vereyim;

http://site.com/ - (içerik: Ayakkabılar) içeriği ayakkabı ile ilgili ise
http://site.com/nike/2009-yaz-ayakkabilari.html (içerik: Nike 2009 yaz sezon ayakkabıları) - gibi bir sayfadan anasayfaya http:// ile başlamak şartıyla link verdildiğinde anasayfanın bu sayfada ki içerikle ilgili(nike,2009,yaz,sezon,ayakkabı,ayakkabılar) değeri artar.

Beynimde uçuşan fırtınaları anlatmakta zorlanıyorum, kusura bakmayın

Verdiğim bilgiler sadece tecrübelerimden ibarettir.