Bu şekilde bir sürü cookie atmış oluyorsun. Kişi 50 konu okursa 50 adet cookie olmuş olacak şöyle yaparsan tek cookie ile işi bitirirsin.

<?php
if(!in_array($id, explode('|', $_COOKIE['konu_okuma_sayaci']))){
//Mysql update
setcookie('konu_okuma_sayaci', $id.'|'.$_COOKIE['konu_okuma_sayaci'], time()+86400, '/');
}
?>