Virüslü dosyaları temizledikten sonra ftp ve diğer şifrelerinizi değiştirdinizmi?
Ve tekrar bulaşmasının bir nedeni daha olabilir oda söz konusu virüs bilgisayarınızda olduğu için login olduğunuzda tekrar bulaşıyo olabilir.
Ftp programı olarak Filezilla kullanmanızı öneririm.