Öncelikle bilgisayarınızı temizlediğinizden emin olun (format tavsiye ederim)
daha sonra virüs bulaşan sitenin tüm dosyalarını bilgisayarınıza indirip temizleyin
FTP ile tekrar gönderiniz. Son olarak ftp şifrelerinizi değiştirin.
CuteFTP kullanıyorsanız değiştirmenizi öneririm.