tam olarak anlayamadım
site adresi sahane.net
shell attıkları klasör sahane.net/dosya
burdada chmod ayarı 777 sanırım ondan attılar
php kullanıyorsan upload işleminin yapıldığı dosyada $_FILES["dosya_input_ismi"]["type"] şeklinde kontrol edebilirsin. Bu şekilde php yüklenmez ve farklı uzanyılarda saklı phpler de yüklenmez.