ftp programı olarak cuteftp cracklı kullanıyorsunuz sanırım. bir süre önce aynı hata ile bizde karşılaştık ftp den index.php yi indirip sonunda iframe virüsü göreceksiniz.
Çözüm: panelden şifreleri değiştirip. yedeklerden tüm index adlı dosyaları geri yüklemek