Eğer sitenizde bir açık bulup C99 ile girdiğini düşünürsek

Sizin Config.php 'den şifrenizi alıp oradanda FTp şifresini denemiş olabilir ve ikisi birbirini tutmuş olabilir diye düşünürsek

Benim tavsiyem mysql 'daki şifren ile FTp şifreni değişik yap ikisi aynı olmasın