sistem içinden başka bir daemona sahipliği ait klasörü silip yeniden root olarak oluşturursanız, ileride izin sorunu çekeceğiniz aşikardır, bilginize..
/var/spool/exim klasörü, mail sunucusuna ait.
eğer root olarak silip bir de tekrar input klasörü yaratırsak, evet sorun olacak. ama sadece silince sorun yok.
exim, kuyruğa bir mail geldiğinde input klasörü yoksa kendisi yeniden yaratıyor.