verdiginiz kodlarla bu iş olmaz. tema sisteminizde döngü türevi bir mantık yok çünkü. sadece bul değiştirle sabit metin değiştirme mantığı var.
smarty kullanarak daha pratik bu tema sistemini kullanabilirsiniz.
ayni sayfanin smarty e dönüştürülmüş halini ücretli yapabilirim

kod analizi olarakta

mysql_query("UPDATE Yazilar SET Hit = '$Hit' WHERE ID = '$YaziID'");

yerine

mysql_query("UPDATE Yazilar SET Hit = Hit+1 WHERE ID = '$YaziID'");

ifadesini

$YorumSayisi = mysql_num_rows(mysql_query("SELECT * FROM Yorumlar WHERE YaziID='$ID'"));

yerinede büyük veri sayilarinda sorun yaşmamak için count ifadesini kullanmalisiniz