Sunucunuzda shell mevcut. Dediğim klasörde olmasada başka klasörünüzde olma ihtimali yüksek. Kendiniz klasörleri dikkatlice tek tek tarayın bulamazsanız clamav ile taratın bulacaktır.
Cute Ftp ile alaksı yok bu durumun. Ben filezilla kullanırken aynı durumu yaşadım.
Kolay gelsin.