http://www.siteadi.com/index.php?tp=1

öncelikle yukardakini yazarak (siteadı yerine kendi siteni dememe gerek yok) sitendeki tüm modülleri görebilirsin.
Templates klasöründe hangi template i kullanıyorsan onun index.php sine giriyorsun.(Bu işi joomla admin panelinden de yapabilirsin ki bence ordan yap)
Joomla! 1.0 için

<?php if (mosCountModules('custom')>0) { ?>
        <?php mosLoadModules('custom',-2); ?>
<?php } ?>

Joomla! 1.5 için

<?php if ($this->countModules('custom')) : ?>
    <div>
        <jdoc:include type="modules" name="custom" style="xhtml" />
    </div>
<?php endif; ?>

bu kodları sitenin ilgili sayfasına ekle burda "custom" yazan yerleri kafana göre türkçe karakter kullanmadan değiştir.
sonrada:
Template Manager\ Module Positions yani
Tema yönetimi/modül pozisyonları
kısmından boş olan her hangi bir hücreye "custom" adlı modülünü yaz.
kaydet işte bu kadar.
Zaten sonra modül otomatik olarak listede görünecektir.
Ayrıca bu en basit anlamda modül eklemedir çok esnek değildir olay esnetmek istiyorsan biraz css ile oynamalı,yeni "div" yeni "class" yapmalısın.

Umarım yardımcı olur!!