kalyoncu webmaster tools araçlarına eklediğinde hangi uzantıda virüs bulunduğunu gösteriyor oraya eklersen virüsun nerede bulunduğunu bulursun en azından.

Ayrıca sitede template sistemi kullanıyorsa template ye kullanmadıysa index.php ye bulaşmış dersen nereden anladın kaynak kodlarına bakarsan

<td height="34" colspan="4" bgcolor="#FFFFFF"><div align="center"><span class="baslik">Copyright @ 2008 - Tüm hakkı saklıdır. |   Designed By</span><span class="style2"> <a href="http://www.mmkbilgisayar.com" rel="nofollow"><img src="https://www.r10.net/images/mmklogo.png" alt="" width="25" height="20" border="0" /></a>&nbsp;</span></div> 
    <div align="center"><span class="style2"><b>Otomatik Kapı</b>, <i>otomatik cam kapı</i>, 
        <b>otomatik kapı sistemleri</b>, <i>otomatik garaj kapıları</i>, <b>otomatik cam kapı 
        sistemleri</b>, <i>otomatik bariyer</i></span></div></td> 
  </tr> 
</table>

olarak bitiyor bu virüs en alttaki </body> </html> kodlarını silip oraya yerleşmiş. ftp den index.php yi indirip incelersen kesinlikle oradadır. include edilen dosyalarıda incele.