Bu olay moda olmaya başladı.
Şurada detaylı bir anlatım var;

iframe virüsü ve php / html dosyalarından temizlenmesi » Teknoloji Blogu

Benimde birkaç siteme bulaştı.

Önce format attım
Antivirüs kurdum
sifreleri degistirdim
ve ardından tüm phplerdeki kodları tek tek temizledim.