Bence fonksiyonlarınızın olduğu dosyada tutun kontrol fonksiyonunu. Ve fonksiyon dosyanızıda ioncube ile şifreleyin. DB config dosyasına koyarsanız kullanıcı şifreli kodu komple kaldırıp veritabanı bağlantı fonksiyonu yazarak bu durumu aşar.