ftp programlarınız ın c racklerinde genelde virüs oluyor onlar login olduğunuz tüm ftp lere atıyorlar index.php lere .js dosyalarına fln
sunucuya virüs olarak girebilenleride varmış ...
+
nod32 , avast vs. gibi programlarla girdiğinizde site virüs uyarısı verecektir