Sandboxa doğrudan bir etkisi olmaz.
Ama sitenin tüm indexi ve link yapısı değişeceği eski url ler 404 hatası vereceği için site güvenilirliğin azalır. Site güvenilirliğinin azalması ise sandbox ve her türlü filtreye davetiye çıkarır.

Yapman gereken aynı anda 2 url i de destekler halde scriptini modifiye etmek.
Aynı sayfanın 2 ayrı url de olmasından kaynaklı problemi gidermek için de tüm sayfalarına bir cannonical meta tagi koymalısın.
Sonra aynı sayfanın sadece yeni url lerini içeren sitemapi göndermelisin.

Böylece hem sayfa tekrarı yapmamış hem 404 hatası almamış hem de tüm eski linklerini sayfa bulunamadı hatası almadan yavaş yavaş yeni url lerine kaydırmış olursun.