Harici js lerde şu ana kadar öyle bir durumla karşılaşmadım. Dediğiniz ancak php & asp dışarıdan include edilen sayfalarda olabiliyor gördüğüm kadarı ile. js lerde deki hataları ise

<script> // <![CDATA[
js kodları buraya
// ]]>
</script>