.htaccess i kaldırırken linkleri rewrite haline getiren fonksiyonu kaldırmazsanız çalışmaz. ki bazı scriptler sadece modrewrite çalışacak şekilde link üretirler. link yapısını elle düzeltmeniz gerekir.
Arkadaşın kullandığı script DLE sanırım.. Buna göre yorum yaptım. Bahsettiğiniz şey scripte göre değişebilir katılıyorum. Ama .htaccess'in olup olmaması DLE'de index'in açılmasını etkilemez sadece linkler kırılır. Mesajımda da belirttiğim gibi siteye ulaşılır ama linkler rewrite edilmediği için kırılır...