Sorunun çözüldüğüne sevindim.. Yalnız .htaccess kaldırmanın siteye ulaşmama gibi bir hata vereceğini sanmıyorum.. Sadece .htaccess ile rewrite yaptığınız kurallar çalışmayacaktır.
.htaccess i kaldırırken linkleri rewrite haline getiren fonksiyonu kaldırmazsanız çalışmaz. ki bazı scriptler sadece modrewrite çalışacak şekilde link üretirler. link yapısını elle düzeltmeniz gerekir.