Ha birşey daha...
Eger sunucunda cron job olarak yedekleme yaptırıyorsan ve bunu yanlıslıkla ust uste yaptırıyorsan bundanda kaynaklanabilir. Benım sorunum oydu mesela

Gunluk yedek aldıgım makınada Ilk once admin seviyesinde yedekleme işlemi baslatmısım sonrada reseller seviyesinde baslatmısım.Biri bitip digeri baslayınca haliyle o kadar user in yedeklenmesı makınayı bayagı bı kastırıyordu

eger service kullanımlarında gzip diye bırsey fazlasıyla cpu kullanıyorsa bundan kaynaklanıyor demektir. En azından bende oyle olmustu