Öncelikle .htaccess dosyasının CHMOD değerini 777 yap, daha sonra panele girip SEO çalışmanı yap. Çalışma bittikten sonra .htaccess değerini tekrar eskisi gibi yap. Bu şekilde .htaccess kendi kendini güncelleyecek. Linux sunucuda bu şekilde ayarlamaktaydım, sanırım windows sunucuda da sorun olmaz.