konunun üzerinden biraz geçmiş ancak gene de belki daha sonra araştırıpta uğraşanlar olursa diye yazmak istedim. bende de linkler permalink ayarlarını ilk değiştirdiğimde çalışmadı. bunun verdiğim linklerin yeni yaptıgım ayarlara otomatik olarak dönmediğinden olduğunu anladım. biraz araştırınca .htaccess dosyasının yapılandırılmasıyla ilgili bir sorun olduğunu anladım. mod_rewrite ile ilgili bir sorun.

biraz daha araştırınca bir plugine rastladım ve plugin herşeyi kendisi hallediyor tek yapmanız gereken diğer pluginler gibi kurup, etkinleştirmek. daha sonra permalinkleri (kalıcı bağlantıları) ayarladığınız bölüme giderek bağlantılarınızı olmasını istediğiniz şekilde ayarlamak. yanlız ben "kategori temeli" ve "etiket temeli" bölümlerini değiştirmedim. plugini kurup çalıştırmadan önce databaseinizin bir yedeğini almanızı tavsiye ederim. bende bir sorun cıkmadı ama ne olur ne olmaz derim.
plugini şu adresten indirebilirsiniz WordPress › AskApache RewriteRules Viewer WordPress Plugins .... umarım işinize yarar.. iyi çalışmalar