Bunun config.php ile alakası olduğu kanısına nerden vardınız ? Sunucudaki bir açıktan sitenize index atmışlardır büyük ihtimalle.
Ben ille de şifrelemek istiyorum dersen ; cpanel > pasword protected kısmından şifreleyebilirmişsin.
o kısımdan dosya şifrelenmez , dizin şifrelenir.
arkadaşın şifreden kastı shell ile okunmaması için zend tarzı programlarla şifrelemek.