1) cute ftp kullanmayınız ondan bulaşıyor (neden derseniz: cute yi patch yaparken kullanıdığınız koreli elemanların yaptiği exe nin içinde kod var o yüzden)

2) iframe kodları yediğiniz siteleri bilgisayarınıza indirip dosyaları temizleme işi için bir önerim var. bunu buluduğunuz ağ ortamında değilde başka bi local ortamda gerçekleştiriniz ve sisteminiz sağlamlik açısından bence formatlayınız + ftp şifelerinizi değiştiriniz...

3) iframe kodları silmeniz için sitenizin public_html dosyasınızı indirip dw ile bir dosyasını açın ve ctrl + f ile <iframe bu kodu aratip yukarıda arama seçeneklerinden folder i seçip public_html klasor yolunuzu ayarlayip kaydet dedikten sonra replace ile kodları temizleyebilirsiniz böylece başka programa gerek kalmaz kodları deiştirmek için dw yeter...

4) Kolay gelsin...