public_html'nin içerisini shell vb. birşey olduğunu düşünerek sildiniz sanırım.Tavsiyelerim:

-Trojen, keyloger vb. virüslerin bilgisayarınızda olabilme ihtimaline karşın format atın ve güncel bir antivirüs yükleyin.
-vBulletin son sürümünü tekrardan sitenize kurun ve varsa yedeğinizi yükleyin.
-Sitenizde RFI - XSS vb. açıklar olmadığından emin olun.
-Host sağlayıcınızla irtibata geçin ve durumu bildirin.

Sizin yapmanız gereken sadece kendi site ve hesap güvenliğinizi almaktır. (RFI,XSS,SQL Injection vb. açıklar + bilgisayar güvenliğiniz vs..)

Bunları düzgün bir şekilde yaptıktan sonra aynı durumla tekrar karşılaşırsanız host sağlayıcınızla birkez daha irtibata geçin ve durumun serverdan (izinler) kaynaklanabileceği konusunda uyarın. Eminim yardımcı olacaklardır...