index.php ye eklersen sadece buraya gelenleri görebilir.
Bütün dosyalarında görünecek şekilde include edilmiş bir dosyan varsa sadece oraya ekleyerek bütün dosyalardan görünmesini sağlayabilirsin.

<?php
include 'ayar.php';

Gibi bir şey varsa, ayar.php ye eklemen yeterli olur.