Sanırım bunun sebebi yum'un sürekli ve otomatik olarak kerneli güncellemesi ve makinaya reboot atması. Herhalde rpm veritabanınızda bir sorun var ki kernel güncellenmiş olsa bile yum bunu anlayamıyor. Otomatik yum güncellemelerini kapatın ve tekrar deneyin.

Eğer bu derdinize derman olmadıysa, sorun devam ederken;

#cat /var/spool/cron
yazarak cron işlemi olan tüm kullanıcıları bulun ve hepsini tek tek inceleyin. Buradaki bir satırda doğrudan "reboot" yazması gerekmez, şüphelendiğiniz tüm cron işlemlerini inceleyin.