farklı değişkenlerle kullanırsanız bu problem olmaz.

yani

preg_match('#<title>(.*?)</title>#si',$kaynak,$veri1); 
preg_match('#<font size="3">(.*?)<b>#si',$kaynak,$veri2);

bundan sonra veri1 ve veri2 yi işlersiniz

gibi gibi

biraz konu disi olacak ama şahsen preg match ile kasmak yerine 2 tane explode yazardim