Yine istediğin olmayacak ama böyle daha iyi olur gibi.

<?php
$klasor = 'resim/';
$dosya = opendir($klasor);
while($ac = readdir($dosya)){
	$resim = $klasor.$ac;
	if(substr($ac, -3) == 'jpg'){
		$watermark = imagecreatefromgif('arka_logo.gif');
		$watermark_width = imagesx($watermark);
		$watermark_height = imagesy($watermark);
		$image = imagecreatetruecolor($watermark_width, $watermark_height);
		$image = imagecreatefromjpeg($resim);
		$size = getimagesize($resim);
		$dest_x = $size[0] - $watermark_width - 5;
		$dest_y = $size[1] - $watermark_height - 5;
		imagecopymerge($image, $watermark, $dest_x, $dest_y, 0, 0, $watermark_width, $watermark_height, 100);
		imagejpeg($image, 'logoluresim/'.$ac, 100);
		imagedestroy($image);
		imagedestroy($watermark);
    }
}
?>

arka_logo.gif logon yada istediğin bir yazı resmi.
resim/ resimlerin bulunduğu klasör.
logoluresim boş bir klasör aç logolu resimleri buraya atacak. 50GB boyutundaysa resimler sorun olurmu bilmiyorum. Zamanaşımına takılırsa <?php den sonra set_time_limit(0); kullanırsın.