Siz ama yinede upgrade.php yi çalıştırın ilk önce.
Yeni yüklediğiniz db içinde kurulu eklenti, plugin vs. varsa bu pluginlerin dosyaları FTP de olmadığı için çalışmayabilir. Başıma gelmişti bir kere. vBSeo yokmuş. Yükledim düzeldi.