Linux'a SSH ile erişim sağlarsınız.Windows'ta ise uzak masaüstü bağlantısı ile kendi pcnizi yönetiyormuş gibi yönetebilirsiniz.Windows genellikle asp ve asp.net sistemlerinden üst düzey performans verebilir.Linuxta ise Php uygulamalarını sorunsuzca çalıştırabilir aynı zamanda Seo özelliğini kullanabilirsiniz Windowsta seo yoktur.( Asp sistemlerde 404 sayfası ile yapılabilir ).

Şuanda en çok tutulan linuxtur.Tabi hangisini alacağınız sizin kararınızı kalmış.Daha çok hangi web yazılımlarını kullanıyorsanız , buna göre bir seçim yapabilirsiniz.

Saygılar...