contentte hangi dosyaya atıyorlar,plugins ise birtane boş html sayası yapın ve plugins içine atın,normal content içine ise publichtmlde de büyük ihtimalle bir index dosyası mevcuttur.Bence yedekleriniz alın sitenizi sıfırlayın,şifrelerinizi değiştirin,yedeklerinizi geri yükleyin tekrar..