O bahsettiğin gibi "binary mod olmadı" şeklinde bir ihtimal yok. FTP den dosya gönderirken Ascii ve Binary diye iki tipin olmasının tek sebebi, ascii ile gönderdiğin dosyanın içindeki windows satır sonu karakterlerinin ( cr+lf ) uyumluluk nedeni ile ftp programın tarafından *nix satır sonu karakterlerine (sadece lf) dönüştürülüp dönüştürülmeyeceğini belirtmek içindir.

Yani aslında zaten tüm dosyalar binary formatındadır, fakat windowsta yazılmış ve içinde düz metin olan bir dosyanın linux te doğru şekilde görüntülenebilmesi için, ftp programında "bu dosya ascii dir" diye belirterek atarsın, yoksa zipledim çıkardım sshla attım çektim açtım binary olmadı diye bir olay yok.