javascript tarayıcı bazında uyumlu bi script dilidir. yani her tarayıcıya göre, her tarayıcı sürümüne göre farklılık gösterebilir. bi js, her tarayıcıda çalışabilir, bir kaçında çalışabilir veya bazı sürümlerinde çalışır, bazısında çalışmaz vs.......

iki js çalışmama nedeni bunlar olabileceği gibi, diğer önemli sebep kullandığın js lerin aynı komutlarla çağrılabilme ihtimalidir. bunun için varsa kullandığın jsler için api dosyalarını kontrol ederek yardım alabilirsin. misal; scriptaculo ile mootools genelde hep çakışır (veya çakışıyodu, şimdi jqueryden şaşmıyorum ben). nedeni her ikisinin de aynı selector tarzını kullanması.

özet şu ki;
iki js aynı html sayfasında çalışmıyosa, sebepler bunlar olabilir veya aklına gelmedik basit bi hata da olabilir. sadece link href ile nedenini söylemek zaten mümkün değil, sen onun yerine yapmak istediğin efekt için (veya neyse) , şunu nasıl yaparım diye bi konu açsan daha çok yardım eden olur aslında.
hadi kolay gelsin.