Daha önce subdomain açmadan Ftp'den klasör oluşturduysan domain/klasör şeklinde oluyor.. Eğer subdomain oluşturup sistemin otomatik oluşturduğu klasörü kullanırsan klasör.domain şeklinde oluyor.. Sistemsel bir sorunmuş.. En azından cpanelde böyle bir sorun oluşmuştu bende de..