Ftp den isterseniz tüm dosyaları silin sorun olmaz (tabi sonradan yüklemiş olduğun resim, eklenti vb... yeniden yüklemek kaydıyla) joomlanın installation klasörü hariç her şeyi ftp den atın üzerine site gelir zaten her şey veritabanında (içerikler, üyeler vb...)