2 yol söyleyeyim.
1. si logo alanınıza yeni bir modül posizyonu açıp; flash dosyayı o modül ile yayınlamak
2. si temanızın index.php logo alanına standart flash gösterim kodu ekleyerek sitenize attığınız flashı çağırmak
dah farklı yolları da vardır ama en pratikleri bunlardır.