FTP ye bulaştığına emin misin.Bilgisayarına bulaşmış olmasın Virüs, kullandığın FTP programı ile sisteme giriş yaparak sürekli index ine html kod atıyor olabilir.Daha önce benzer problem yaşamıştım eski yedekleri yükledim şifrelerimi değiştirdim format attım pc ye sorun düzeldi.