Sorun çözüldü... Çözüm:
Öncelikle iki kategorinin id'lerini alıyoruz... (Örneğin 3 ile 5 olsun)

Daha sonra temamızın index.php dosyasını açıyoruz.

<?php if(have_posts) :

ile başlayan satırı buluyoruz ve hemen ekliyoruz:

<?php if(have_posts) : query_posts('cat=-3,-5&paged='.$paged);

Eğer sitenizde ekstra bir category.php dosyası yoksa şöyle yapın:

<?php if(have_posts) : if( is_home() ) { query_posts('cat=-3,-5&paged='.$paged);

Burada kullandığımız eksi (-) işareti, o kategoriler olmayacak anlamında, ayrıca paged kısmını yazmazsanız, sayfalama yapmaz