tüm sitelerinde düşüş varsa server dns ile ilgili bir durum olabilir.
Önerim full yedek al vps yi komple sil tar.gz olarak tekrardan dosyaları çıkart.

Bak güzel arkadaşım ben bunun bölümünde okuyorum zamanında bu sıkıntıyı yaşadığımda işletim sistemi hocam ile beraber çözdük ve bu -rep vermenizide modlara bildireceğim.