Bu konuda cok fazla tecrübem yok ama linklerin seo ya dönüstürülmesinden dolayi php linklerinin olmasi gereken sayfaya degilde hepsinin anasayfa yönlendirme söz konusu olabilir gibime geliyor.

.htaccess in icindeki QSA terimini kaldirmis olsan bir faydasi dokunabilirmi acaba.

Bunun disinda iki tane RewriteEngine On emiri geciyor 2.yi silebilirsin.