Google webmaster tools kayıtından etki alanı belirleyebilirsin. "Ayarlar" bölümünde "Tercih edilen etki alanı" diye bir kategori var. Orada sana 3 seçenek sunuyor.

Tercih edilen bir etki alanı belirleme - Bu otomatik belirliyor.
URL'leri www.siteadı.com olarak görüntüle
URL'leri siteadı.com olarak görüntüle

Burdan istediğini seçerek indexlerin nasıl gözükmesini istiyorsan belirleyebilirsin.