sorunu araştırdım.
veriyon yükseltmekte indexler yeniden oluşturulması gerekiyormuş.

Kaynak url : MySQL :: MySQL 5.0 Reference Manual :: 2.18.1.2 Upgrading from MySQL 4.1 to 5.0
ilgili döküman : MySQL :: MySQL 5.0 Reference Manual :: 2.18.3 Checking Whether Table Indexes Must Be Rebuilt

kolay gelsin. baya zorlu bi iş seni bekliyor