tam olarak bilgim yok ama çevremdeki bir çok insandan duydum
Safe-Mode kapalı olduğu zaman ciddi anlamda güvenlik açıkları oluşabiliyormuş
ama sizin dediğinizde biraz kafa karıştırıcı Serverde hacklenen tek site bizim site diyorsunuz ...

Safe Mode = Açın
Vb sürüm yükseltin
Serverde Shell ve virüs taraması yapın şimdilik aklıma gelenler bunlar