böyle birşey php ile yapılamaz. bunun yanında mysql ve apache ile de yapılamaz. bunun için server da firewall benzeri bir yazılım olması gerek sanırım.
download edilen dosyalar php dosyasi üzerinde geçiriliyorsa en basitinden kısa kısa pause ile veri oku dur veri oku dur mantigi ile limitleme yapilabilinir.
ama dosya direk indiriliyorsa bunun için apache ye modül kurmaniz gerekir. bantwidth limiter gibi
readfile ile degilde fopen ve fget ile okumaniz lazim
PHP: fopen - Manual PHP: sleep - Manual PHP: fgetc - Manual
bence apache modül ile yapmak daha saglikli