Bu kodu deneyebilirmisin ?
<?php
$dbbaglan= mysql_connect("localhost","db_kullanici_adi","db_sifre") or die ("Baglanti Kurulamadi.");
mysql_select_db("y",$dbbaglan);
$sorgu = mysql_query(" TRUNCATE TABLE `y`");
$cikti=mysql_query($sorgu, $dbbaglan);
echo "Tablo boşaltıldı.";
?>
verdiginiz kod zaten tabloyu boşaltır ama 2 günde bir olduğuna göre lacremel in yaklaşımı uygun. ama en sagliklisi cron tanimlamak. boş yere koda fazladan 1 sorgu eklenmemiş olur. ve peryodik düzenli calisir