Diğer temanızın indexlenme şekli ile bu temanın indexlenme şekli farklı sorun bundan kaynaklanıyor sanırım. Diğer temada eski indexlerinize göre siteadı.com/index.php/katagori/konuadı.html şeklinde iken bu temada normal wp sef linkleri şeklinde index alıyor. Muhtemelen geçici bir sorundur fakat eski temanıza çevirmeden bu tema harici farklı bir tema kullanırsanız 2-3 gün yeni indexler geldiğinde sorun kalkabilir belki ortadan.
Bu temaya geçtikten sonra sef sisteminide değiştirmiştim. Daha önce .htaccess oluşturmadığım için daha doğrusu cuteftp kaynaklı .htaccess dosyasını göremediğim için gerekli ayarı yapamamıştım. o yüzden index.php/kategori/konu-adi.html kullanıyordum. Cuteftp de .htacces i görmeyi becerdikten sonra gerekli ayarı yapıp sef sistemini site.com/konu-adi şeklinde değiştirdim. Sorunun bunlardan kaynaklandığını düşünüyorum başından beri, ancak aceleci davranıyorum sanırım. Google bu temaya ve yeni sef sistemine alıştıktan sonra düzelir gibime geliyor, yanılıyor muyum?